연금술, 그것은 「등가 교환」의 원칙의 아래, 물질을 이해, 분해,그리고 재구축 하는, 이 세계에서 최첨단의 과학이다.
이 연금술에 대하고, 최대의“금기”로 여겨지는 것 「인체련성」.
돌아가신 어머니 부모를 생각하지만 이유, 금기를 침범해, 모두를 잃은 유 나무 형제.
 기계요로이(자동 제어 장치 일)를 휘감아, 「강철의 연금술사」의 이름을 짊어진 형(오빠),에드워드·에르릭크.
거대한 요로이에 영혼이 정착된 남동생, 아르폰스·에르릭크.
 두 명은 잃은 것을 되찾기 위해, 「현자의 돌」을 찾는 여행을 떠난다.
형제는 「현자의 돌」의 진실하게 가까워지는 것에 따라, 큰 음모의 와중으로 찔러나간다.
 암약 하는 사람이라면 바구니자들의 존재.
서서히 그 본성을 노출로 하는 군사 국가 아메스트리스.
시달린 백성의 끝없는 것 미움과 복수의 생각.
연금술이 가져오는 무수한 비극.
점재하는 비극은, 이윽고 선이 되어, 사람을, 백성을, 그리고 나라조차도 권붐빈다.
 형제는 절망과 희망의 틈안, 그런데도 앞에 나아간다--.